Setelah kembali dari liburan musim panas, para siswa Kelas 3-E di Sekolah Menengah Kunugigaoka yang bergengsi mendapati diri mereka harus menghadapi rintangan yang tampaknya tak teratasi. Dihadapkan pada kemungkinan kehancuran dunia, para siswa harus memikirkan cara-cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan suka menolong.

Namun, menghabisi Koro-sensei bukanlah satu-satunya tujuan yang harus dikhawatirkan para siswa. Gakuhou Asano, kepala sekolah yang kejam dan tak kenal ampun, berusaha menggagalkan kesuksesan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-muridnya yang rajin menjadi mesin belajar yang sangat kompetitif. Ketegangan mulai terasa di udara saat para pengkhianat dan pembunuh sama-sama berusaha mengklaim hadiah atas kepala Koro-sensei untuk diri mereka sendiri.

Nagisa Shiota, salah satu pembunuh bayaran paling terampil di Kelas 3-E, mendapati dirinya terjebak di tengah konflik tersebut. Sementara ia berupaya mempertahankan prestasinya di sekolah dan mencegah kiamat, masalah pribadi mengancam posisinya di Kelas 3-E. Bersama teman-teman sekelasnya yang setia, ia kini harus menghadapi ancaman-ancaman tersebut secara langsung.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.