Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi sebuah metropolis yang maju secara teknologi. Berkat kemajuan pesat dalam bidang cybernetika, warga kota ini dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian-bagian robotik. Dunia kini lebih terhubung daripada sebelumnya, dan Bagian Keamanan Publik 9 kota ini bertugas memberantas korupsi, terorisme, serta ancaman berbahaya lainnya seiring dengan pergeseran menuju globalisasi ini.

Mayor Motoko Kusanagi dari Bagian 9, yang berkemauan keras, memimpin penyelidikan kasus yang melibatkan seorang peretas misterius yang hanya dikenal sebagai "Puppet Master," yang meninggalkan jejak korban-korban yang kehilangan ingatan mereka. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Puppet Master hampir seluruhnya terbuat dari robot, memberinya kekuatan luar biasa.

Saat Motoko dan bawahannya menelusuri jejak penjahat misterius tersebut, pihak-pihak lain—termasuk Seksi 6—mulai terlibat, memaksanya untuk menghadapi sifat kasus yang sangat rumit ini. Sambil merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa satu-satunya yang akan memberikan jawaban-jawaban tersebut tak lain adalah Puppet Master itu sendiri.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.